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南京醫科大學第二附屬醫院泌尿疾病中心歷經近40年發展，現為中華醫學會泌尿外科學分會常委、江蘇省醫學會泌尿外科學分會主委單位，江蘇省“十四五”醫學重點學科，江蘇省社會辦醫療機構協會泌尿外科專委會主委單位，省級臨床重點專科，南京醫科大學博士學位授予點和博士后流動站，也是醫院重點打造的優勢學科之一。2023年度STEAM排名省內前四，全國58位。學科共有醫技護研近百人，教授3名，副教授6名，主任醫師7名，副主任醫師9名，其中博士研究生導師4名，碩士研究生導師8名，國務院政府特殊津貼專家、有突出貢獻中青年專家、“萬人計劃”青年拔尖人才等國家級、省級人才20余人次。

學科設有四個病區（145張床位），現已形成以“泌尿系疾病單孔微創技術、腎臟移植、盆底尿控疑難疾病診療”三大中心為特色的綜合強科。診療范圍覆蓋泌尿生殖系腫瘤、泌尿系結石、男科疾病、前列腺疾病、腎上腺及尿路修復重建等亞專科。學科多年來銳意進取，開拓創新，形成了以泌尿系疾病微創技術為特色，其中單孔腹腔鏡、機器人單孔腹腔鏡手術、前列腺蒸汽熱療消融術、腎移植外科、骶神經調節技術、復合式冷熱消融等多項技術達到國內、國際先進水平。