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南京醫科大學第二附屬醫院內分泌科，是集臨床、科研、教學為一體的綜合性機構，是江蘇省衛健委臨床重點專科，也是南京醫科大學內分泌專業碩士點及博士點，是國家藥物臨床試驗機構內分泌專業組。

病床39張，年出院人數超過2千人，年門診量達8萬人次。現有主任醫師4人，副主任醫師6人，其中教授2人，博士生導師1人，碩士生導師4人。承擔國家級課題5項、省市級課題20余項，發表學術論文200余篇。

內分泌科成立了“糖尿病胃腸神經病變診治中心”，該中心由糖尿病科、微生態醫學科、消化科、營養科、中醫科、精神心理科等科室專家和糖尿病咨詢護士組成的糖尿病胃腸神經病變防治組，建立了糖尿病胃腸神經病變早期篩查、診斷和治療的流程及分科收治的規范，在國內外率先以菌群移植新技術結合營養支持、神經心理和中醫等多學科治療手段，救治難治性糖尿病胃輕癱，頑固性腹瀉和便秘及糖尿病痛性神經病變患者，獲得很好的臨床效果。開設了腎病聯合門診，建立了門診糖尿病腎病早期篩查、診斷和治療的流程，為預防糖尿病腎病的發生和尿毒癥的出現提供全面周到的指導。建立代謝病管理中心，致力于糖尿病、肥胖、高尿酸血癥、高脂血癥、脂肪肝等代謝疾病的綜合管理。我們注重多學科合作，涵蓋甲狀腺疾病、下丘腦和垂體疾病、腎上腺疾病等多個領域，致力于為患者提供一站式服務。科室參與了200多項藥物臨床試驗/器械試驗，項目數和質量在全國內分泌專業中名列前茅。