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南京醫科大學第二附屬醫院全科醫學科成立于2006年7月，2007年4月被評審批準為首批衛生部全科醫師培養基地，2008年被認定為“江蘇省第一批全科醫師規范化培訓基地”。2014年正式設立全科醫療病房，目前開放床位24張。開設全科醫學門診（專科、專家、專病）和全科病房提供綜合性、協調性的診療，慢性病管理和健康教育。患者病種分為三類：⑴未分化疾病，即暫時沒有專科歸屬的全身性疾患；⑵心身疾病，表現為沒有明確疾病診斷的各種軀體不適感；⑶多種疾病并存的患者，如高血壓、糖尿病、高脂血癥、高尿酸血癥“四高”患者，以及肌少癥、骨質疏松慢性病患者。牽頭承擔江蘇省基層醫療專業質控工作，提高江蘇省基層醫療機構醫療質量。

承擔全科醫學教學和培訓任務,落實臨床醫學五年制本科生《全科醫學概論》授課和全科（助理全科）住院醫師規范化培訓學員以及全科轉崗學員的培訓，其中《全科醫學概論》入選江蘇省首批省級一流本科課程。2013年起成為全省第一批招收全科醫學專業學位研究生的碩士點，2023年起成為全省第一批招收全科醫學專業學位研究生的博士點。依托南京醫科大學，實行“全科醫生規范化培訓”與“全科醫學研究生培養”雙向接軌，全科醫學規范化培訓學員經三年規范化培訓后可直接申請全科醫學專業碩士研究生學位。