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南京醫科大學第二附屬醫院兒童保健科的前身系江蘇省兒童保健研究中心，開展臨床醫療、保健、教學、科研工作，承擔有國家級、省級自然科學基金研究項目，并參與國際多中心合作科研項目。

兒童保健科傾心呵護兒童健康，促進兒童早期發展、健康成長。開設有：

健康體檢門診：0-18歲兒童的健康檢查及健康管理；入托入園入學入體校及參賽體檢；眼保健、耳聽篩查、口腔防齲保健、髖關節發育篩查、脊柱側彎篩查、先心篩查等。

生長發育門診：建立信息化的兒童健康檔案，定期進行健康檢查和生長發育監測，動態觀察生長發育水平，及時發現生長發育偏離兒童，脊柱側彎篩查，骨骼健康監測，骨齡評估，身高管理。

兒童營養門診：營養不良、超重/肥胖、缺鐵性貧血、維生素D缺乏性佝僂病、微量營養素缺乏、食物不耐受、食物性過敏疾病、鉛中毒的防治；人體成分分析，膳食營養及飲食行為評估和指導，體重管理；母乳營養成分分析、母乳喂養指導等。2023年榮獲中國婦幼保健協會婦幼營養標準化建設優秀單位。

高危兒門診：早產兒、低出生體重兒、新生兒窒息、缺氧缺血性腦病、顱內出血、感染、黃疸、運動認知發育落后、肌張力姿勢異常等的隨訪管理,GMs等評估，早期干預。

發育行為門診：兒童心理行為發育評估，發育遲緩、言語和語言障礙、孤獨癥譜系障礙、注意缺陷多動障礙、抽動障礙、學習障礙、情緒障礙、智力障礙、睡眠問題/障礙、遺尿癥等的篩查、評估、診療和指導。

心理行為門診：開展多方面的兒童青少年心理健康評估、咨詢，包括：個別心理咨詢、孤獨癥譜系障礙及注意缺陷多動障礙兒童青少年的心理輔導；兒童青少年潛能開發、家長養育訓練指導及成長團體。

兒童針灸推拿門診：針對小兒厭食癥、營養不良、慢性腹痛腹瀉、便秘、反復呼吸道感染、過敏性鼻炎、腺樣體肥大、發育落后、腦癱、孤獨癥譜系障礙、注意缺陷多動障礙、抽動癥、面癱、遺尿等進行中醫辨證、指導及治療。

康復訓練：運動發育障礙、肌張力姿勢異常、腦癱、斜頸、脊柱側彎、孤獨癥譜系障礙、語言障礙、注意缺陷多動障礙、抽動障礙、學習障礙、睡眠障礙、遺尿等進行康復指導及訓練、感統訓練、水療、生物反饋治療、經顱磁刺激治療、盆底磁刺激治療等。

發育行為訓練：為0～30月齡高危孤獨癥譜系障礙兒童開設“超早期干預”、30月齡以上確診為孤獨癥譜系障礙兒童開設ABA親子訓練、家長指導訓練、地板時光訓練等。為注意缺陷多動障礙兒童開設建設性養育團體以及相關執行功能訓練課程。

言語和語言訓練:針對兒童發育中的言語和語言問題，如:語言發育遲緩、言語清晰度和流暢度問題、口腔運動功能障礙、其他疾病并發的語言障礙等，開展評估、家長指導及針對性訓練。

兒童早期發展訓練：開展健康教育、父母課堂，進行喂養和育兒技能示范培訓，家庭養育照護咨詢指導，推廣符合嬰幼兒生長發育規律的最新的干預理念和模式。