南京醫科大學第二附屬醫院兒童外科始建于1984年，是省內三級甲等綜合性醫院為數不多的專業治療各種小兒外科疾病的科室。經過近三十年的發展，在幾代人的不懈努力下，，專業隊伍逐漸壯大，技術水平不斷提高，現已發展成為集臨床醫療、科研、教學于一體的省級臨床專科。具體的亞專業包括小兒普通外科、小兒心胸外科、小兒泌尿外科、小兒骨科、小兒整燙外科、小兒神經外科以及新生兒外科。今天，在建設“學習型專科”的理念指導下，憑借南京醫科大學雄厚的人才資源和基礎力量，我們有信心把本專科建設成成為一個學科門類齊全、技術一流、設備完善的現代化省級小兒外科診治中心，力爭在新的世紀里以“一流的技術與設備、一流的服務與理念、一流的環境與管理”服務于全省乃至全國的患兒朋友們。
本專科現有醫護人員28名，其中高級職稱醫師3名，博士1名，碩士3名；1人擔任江蘇省醫學會小兒外科分會委員；并有一批專業素質高、業務能力強的專科護理隊伍。目前常規開展各種小兒外科常見病、多發病的手術治療，對部分疑難雜癥也有一定的深入研究。術中內窺鏡在兒童多發性腸息肉病中的應用和保留脾臟的胰體尾95%切除治療新生兒高胰島素綜合征等多項手術省內率先開展，對小兒排便功能障礙的研究位居省內先進；先天性心臟病、腦部腫瘤、肛腸疾病的診治及腔鏡下的微創手術等均已成為本學科的特色診療技術。
多年來，本專科一直承擔南京醫科大學的理論教學和臨床見習、實習指導任務；現為南京醫科大學兒科學碩士授予點；是南京醫科大學及江蘇省兒科學人才的重要培訓基地。接收小兒外科進修醫師進行專科培訓；關注學術動態，緊跟學術前沿，積極開展創新性科學研究，先后承擔省、市級課題10多項；共發表論文70余篇，包括在國際權威期刊上發表論文3篇；參編著作5部；多次選派醫療骨干到境外等學習、訪問，參加國際學術會議。獲江蘇省衛生廳科技進步二等獎一項，江蘇省衛生廳新技術引進一項，南京醫科大學第二臨床醫學院新技術引進一等獎一項。
普通外科是本院兒童外科最早組建的專業之一，有二十多年歷史。對小兒急性闌尾炎、腹股溝疝、腸套迭、先天性肛門直腸畸形、先天性巨結腸癌、先天性膽囊總管囊腫及新生兒消化道畸形等常見病、多發病的診治具有豐富的經驗。對鍀掃描診斷美克爾憩室并出血、小兒便秘及結直腸息肉病等疾病的治療有獨到的體會。建科以來長期擔任南京醫科大學的教學、科研任務。多年來緊跟國際國內先進潮流，不斷創新發展，有多項新技術項目在省內率先開展。獲省衛生廳科技進步二等獎及新技術引進獎各一項。
開展的診療項目：
甲狀腺舌管囊腫（瘺）、腮裂囊腫（瘺）、甲狀腺腫瘤、消化道出血及穿孔、先天性肥厚性幽門狹窄、先天性巨結腸、新生兒壞死性小腸結腸炎、腸套疊、先天性腸閉鎖和腸狹窄、直腸及結腸息肉、肛管直腸脫垂、肛瘺、先天性肛門直腸畸形、骶尾部畸胎瘤、膽道閉鎖、先天性膽總管囊腫、臍膨出、臍疝、腹股溝疝、膈疝、腹裂、急性闌尾炎、腹部腫瘤、腹部外傷等疾病的診治。
泌尿外科早在1986年小兒外科開科時就已經開展工作，至今二十余年的歷史。目前臨床常規開展的項目有鞘膜積液、隱睪、尿道下裂、泌尿系結石，小兒泌尿生殖系先天性畸形矯正，如：先天性腎盂輸尿管連接處梗阻，兩性畸形等，以及泌尿系腫瘤，如睪丸腫瘤，腎母細胞瘤等的手術治療。開展的絨毛膜促性腺激素對大鼠睪丸生長發育影響的研究和Wistar鼠單側隱睪對對側已降睪丸的病理研究，對指導臨床激素治療隱睪癥有一定的意義。新開展的應用腹腔鏡切除單側腎發育不良伴輸尿管開口異位，具有創傷小、術后恢復快的特點，減輕了患兒痛苦，該技術在省內處于領先地位。
小兒泌尿外科擁有德國進口的Storz小兒膀胱鏡和腹腔鏡等高新醫療器械，同時擁有成熟的專業人才隊伍，在醫院快速發展的今天，小兒外科也實現了整體的跨越發展，泌尿外科將進一步向專業化的方向發展，更好更方便地為周邊兒童服務。
開展的診療項目：
包莖、包皮過長、隱睪、鞘膜積液、尿道下裂、先天性巨輸尿管、兩性畸形、女性生殖器畸形（子宮、陰道積液，小陰唇粘合）、先天性積水、先天性輸尿管囊腫、腎發育不良、輸尿開口異位、隱匿性陰莖、尿道憩室、尿道瓣膜、腎母細胞瘤、神經母細胞瘤、泌尿系結石、
泌尿系感染及腎上腺嗜鉻細胞瘤、腎上腺皮質生癥等疾病的診斷治療。
常見疾病問答
小兒骨科（矯形外科）我院兒童外科較早成立的專科之一。已開展各種小兒骨關節及肌肉系統疾病、運動系統創傷及骨關節先天性畸形、腫瘤等病種的診斷和治療，取得顯著成效，深受病兒及家長的好評。
開展的診療項目：
各類骨折、關節脫位，如橈骨小頭半脫位、頸椎半脫位；骨髓炎、關節炎、骨軟骨炎、軟骨瘤、四肢腫瘤及瘤樣病變；先天性畸形，如肌性斜頸、多指（趾）、并指（趾）、發育性髖關節脫位、狹窄性腱鞘炎、先天性馬蹄內翻足；以及股骨頭缺血性壞死、腦癱后遺癥、小兒麻痹后遺癥、兒童肢體不等長等疾病的診斷和外科手術治療。
神經外科是我院兒童外科成立的專業從事小兒顱腦疾病診治的專科。目前開展先天性腦積水、頭顱外傷與顱內腫瘤等疾病的診治，并取得較好的治療效果和社會效應。
開展的診療項目：
先天性腦積水、顱腦損傷（頭皮損傷、顱骨骨折、腦損傷、顱內出血）、腦震蕩、腦脊膜膨出、新生兒及嬰兒硬腦膜下積液、腦腫瘤等。
兒童燒傷整形外科是我院兒童外科的一個分支學科，開設有門診和病房，主要開展小兒燒燙傷的急診處置、燙傷后植皮及燒燙傷畸形的治療；先天性唇、腭裂的修補術；小耳畸形再造術；小兒血管瘤和淋巴管瘤的激光、藥物注射及手術等綜合治療。治療技術和治療效果位居省內領先水平。
開展的診療項目：
先天性唇、腭裂、燒燙傷、瘢痕粘連、血管瘤、淋巴管瘤等體表腫瘤、多并指（趾）、軟組織感染等疾病的診斷、外科手術和綜合治療。
